Nel 1526 fu richiesto al Capitolo Lateranense, che lo possedeva dal 1514, il terreno per erigere la chiesa. Questa, costituita da una sola navata con tetto a capanna e decorata lungo le pareti con storie relative alla vita della Madonna, fu consacrata il 15 luglio 1565. Nel 1568 Il cardinale Alessandro Farnese, decise di ristrutturare l’edificio erigendovi una cupola, sotto la quale sarebbe sorto un tempietto contenente un’immagine della Madonna, e ne affido il progetto al Vignola; alla sua morte, però, i lavori non erano ancora iniziati. Nel 1591, il cardinale Odoardo incaricò Girolamo Rainaldi di riprendere il progetto di abbellimento dell’edificio; il Rainaldi, ritenendo improponibile la costruzione di una cupola, che avrebbe comportato l’ampliamento della chiesa esistente a scapito del convento adiacente, ristrutturò l’edificio realizzando un soffitto a lacunari ornati da figure di santi in rilievo. Al di sopra del nuovo portale fu conservata la lapide commemorativa dell’edificio originario. Nelle cappelle laterali si conservano numerose opere d’arte, come la tela raffigurante S. Francesco in preghiera attribuita ad Annibale Carracci e un bel crocifisso ligneo. L’altare maggiore è sormontato da un tempietto in legno dorato al centro del quale tre angeli sorreggono un affresco ovale raffigurante la Madonna della Consolazione ritenuto miracoloso. Secondo la tradizione popolare l’affresco si trovava originariamente in una piccola cappella di campagna dove tornava ogni volta che si provava a spostarlo, il miracolo cessò quando in quel punto venne eretta la Chiesa della Madonna delle Grazie e al posto dell’affresco fu posta una copia.