Nel 1569 fu affidato al Vignola l’incarico di costruire la chiesa ma questa fu realizzata solo dopo la morte dell’architetto. L’edificio, ad una sola navata con tetto a capanna, divenne sede della Compagnia della SS.ma Trinità (o di S. Marco) nel 1607 (anno di istituzione della confraternita). Recentemente restaurata, la chiesa è stata riaperta nel 1973, conserva al suo interno diverse tele e affreschi di pregevole fattura. Attualmente si accede alla Chiesa tramite una larga e alta scalinata, che però in origine era più piccola dato che il livello del terreno era più alto, l’ingrandimento è dovuto ai recenti lavori di sistemazione di Piazza San Marco.
Con la realizzazione del Palazzo Farnese, il Cardinale Alessandro Farnese decise che anche tutta Caprarola fosse pianificata e ristrutturata in funzione del suo Palazzo come da cornice alla sua grande opera. Il centro urbano di Caprarola è attraversato da una strada principale rettilinea, chiamata via Diritta, oggi via Filippo Nicolai, realizzata tra il 1557 e il 1564, su progetto dell’architetto Jacopo Barozzi da Vignola. Il paese si sviluppa a destra e a sinistra della via Diritta terminando nella piazza nella quale si innalza il Palazzo. La via Diritta è lunga circa 680 metri. La sua realizzazione comportò un innalzamento del livello stradale, la costruzione di grandi ponti e nuovi palazzetti signorili, la ristrutturazione delle abitazioni esistenti. Per permettere il collegamento con la nuova via sopraelevata, furono costruiti anche diversi sottopassaggi e vicoli in pendenza, in alcuni casi con scalinate. I nuovi palazzetti affacciati sulla via Diritta aumentano in qualità man mano che si avvicinano al Palazzo Farnese, segno che i più benestanti preferivano le abitazioni nei pressi del Palazzo.
